我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌三项。

1、菌落总数

菌落总数就是指食品检样历经处置，在相应条件下培养后所得的1g或1mL检样中所含细菌菌落的总数。它可以反应食品的新鲜程度、被细菌污染的程度、加工过程中食品是不是变质和食品生产的通常卫生状况等。因而它是分辨食品卫生质量的重要环节其一。

2、大肠菌群

大肠菌群主要包括大肠杆菌和产气杆菌的一些中间类型的细菌。这种细菌是寄居于人及温血动物肠道内的肠居菌，它随之的大便排出体外。食品中假如大肠菌群数越多，表明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群做为粪便污染食品的卫生指标来评判食品的质量，具备广泛的意义。

3、致病菌

致病菌既可以造成人们发病的细菌。对不一样的食品和不一样的场合，应当挑选相应的参考菌群开展检验。比如：海产品以副溶血性弧菌做为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等做为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、霉菌等做为参考菌群，罐头食品以耐热性芽孢菌做为参考菌群等。