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国内国外开展微生物检验的食品类型较多,食品分类方式也各有不同。总的来看涉及到微生物检验的食品类型具体有:奶制品、预烹煮食品、生活用水、蛋制品、水果、谷类、婴儿食品、肉及肉食品、无脊椎动物、禽肉、贝壳类、白明胶、香草(药)、速食食品、罐头、调味料,粉类制品、豆类食品、冷冻饮品、糖块、海产品、甜品、蔬菜水果、藻类植物、食疗食品、米面制品等。
在我国开展微生物检验的重点食品类型为:奶制品、罐头、调味料、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆类食品、冷冻饮品、糖块、食用天然矿泉水等,之中食糖及其保健品的微生物检验为在我国所特有。